Это обусловлено тем, что в соответствии с абзацем 3 пункта 4 статьи 346.26 Налогового кодекса РФ организации, являющиеся налогоплательщиками единого налога, не признаются налогоплательщиками НДС (в отношении операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с гл. 21 НК РФ, осуществляемых в рамках предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом). Между тем, на налогового агента по НДС действие названной нормы не распространяется.

(Постановление ФАС Дальневосточного округа от 4 августа 2008 г. № Ф03-А04/08-2/2188).