Выписывать счета-фактуры от имени обособленного подразделения нельзя.

Как указал Минфин РФ, обособленные подразделение компаний не признаются плательщиками НДС. В случае реализации товаров (работ, услуг) через подразделения счета-фактуры должны выписываться от имени головной организации. В строке 2б «ИНН/КПП продавца» необходимо проставлять КПП соответствующего обособленного подразделения.