Электронный документооборот счетов-фактур между продавцом и покупателем осуществляется через специализированные организации-операторы электронного документооборота.

Использование электронного документооборота счетов-фактур допускается при обязательном применении сертифицированных в соответствии с законодательством РФ систем криптографической защиты информации, совместимых со средствами такой защиты, применяемыми ФНС РФ, и позволяющих идентифицировать владельца сертификата ключа подписи, а также установить отсутствие искажения информации.

Утвержденным Порядком детализированы процедуры выставления и получения счетов-фактур в электронном виде с применением электронной цифровой подписи.